SCR反应器可以布置在高灰段、低灰段及尾部烟气段。各种布置方式有各自的优势及不足，以下就各布置方式进行介绍。
若SCR反应器布置于省煤器与空预器之间，烟气流经SCR反应器时，烟气温度为300 ~ 400℃，正好适应于当前商用催化剂的反应温度范围，有助于保证脱硝效果。但烟气中的飞灰、碱金属成分（Na、Ca、 Si、 As）以及SO2会带来诸多负面影响，如飞灰会磨损反应器并造成催化器通道堵塞；飞灰中的碱金属成分会使催化剂“中毒”；SO2会在催化剂作用下被氧化成SO3，SO3进一步与NH3反应生成硫酸铵污染空预器且会造成反应器堵塞。此外，若烟气温度升高将会使催化剂烧结而失效。

尽管高灰段布置存在诸多问题，但与其他布置方式比较起来，这种布置方式仍是一种有效且经济的布置方式，因此高灰段布置是当前的主流形式。

低灰段布置
若SCR反应器布置于静电除尘器之后，则可防止烟气中的飞灰堵塞、污染、磨损反应器。但这种布置方式下，烟气未经降温即进入静电除尘器，导致静电除尘器工作温度过高，无法正常运行，因此这种布置方式很少采用。
尾部烟气段布置
若SCR反应器布置于尾部烟气段，则烟气到达SCR反应器时已经除尘、脱硫，因此不存在上述的飞灰堵塞、污染、磨损及硫酸铵引起的堵塞问题。但由于尾部烟气温度过低，不在催化剂的有效反应温度范围内，因此需要在SCR反应器前设置燃油/天然气燃烧器或用蒸汽加热烟气以提高烟气温度，这将导致运行费用增加。