施肥应施于根集中分布层，即施到枝条外延20~40厘米处。大叶黄杨小毛球结合扩穴扩沟，采用环状沟或条状沟施，每年向外扩展。

大叶黄杨根部大部分吸收根集中在10~60厘米深的土壤中，最适宜的施肥深度为40厘米左右。施肥时结合深翻深施，使表土与中下层的土壤混合，便于根系吸收和利用。若浅施肥，大部分养分滞留于表层土壤，易使幼苗浮在表层土壤上，极易遭受冻、旱、涝等灾害，造成苗木抗逆性下降。